Après avoir enlevé le président Clavius en accusant des terroristes monicans et fait emprisonner ses partisans sous divers prétextes, Trevor Goodchild prend le contrôle de la nation de Bregna. Aidé d'Æon Flux, Gildemere, retrouve et délivre le président mais le tue en réalisant qu'il souffre de démence et de paranoïa. Il tente ensuite de prouver la responsabilité de Trevor dans sa disparition mais faute de preuves valables, est arrêté pour le meurtre du dirigeant.

Épisode(s) : Saison 3 - 1

Ayant découvert que la nouvelle marotte de Trevor Goodchild est le clonage, Æon Flux s'arrange pour être dupliquée par lui avant d'échanger sa place avec son clone. Son plan initial est de convaincre Trevor qu'il n'est pas parvenu à reproduire sa personnalité avant de se laisser tuer par son double mais elle se retrouve prise à son propre piège en découvrant qu'elle apprécie sa nouvelle situation. Finalement, elle se sacrifie pour permettre à son clone d'échapper à des tourelles de tir.

Épisode(s) : Saison 3 - 3

Alors que Trevor Goodchild envisage d'utiliser son rayon Aldous B pour stimuler l'évolution de l'humanité tout en causant la mort de certains individus, Æon Flux lui vole la télécommande permettant de l'activer. Après l'avoir cachée, elle découvre une capsule d'hibernation contenant l'unique survivante d'un vaisseau extraterrestre dont l'équipage a été exterminé par le rayon. Fascinée par la créature quand il la rencontre à son tour, Trevor décide de l'accompagner vers son monde natal dans un voyage de plusieurs siècles. Æon se met en hibernation en attendant son retour.

Épisode(s) : Saison 3 - 10

Quand elle sort de son sommeil, Æon Flux découvre un monde peuplé de créatures semblables à l'extraterrestre. S'imaginant que sa race a envahi la Terre, elle active l'Aldous B pour l'exterminer. Trevor Goodchild lui révèle alors que ces "extraterrestres" étaient en réalité l'humanité qui avait évolué durant son sommeil.

Épisode(s) : Saison 3 - 10

Æon Flux et Trevor Goodchild se placent ensuite dans une capsule d'hibernation pour y dormir indéfiniment, à jamais réunis.

Épisode(s) : Saison 3 - 10