Les 90s constituent une période sombre pour le tokusatsu: si la franchise Ultraman revient et enchaîne les séries à un rythme régulier, les Kamen Riders vivotent dans quatre films destinés à un public adulte, les Metal Heroes tirent leur révérence en 1999 après les échecs successifs de Kabutack et de Robotack, deux séries qui avaient maladroitement tenté de rajeunir leur public cible, et les Toei Fushigi Comedy Series font de même en 1993 après une salve d'Henshin Heroines initiée avec Pai Pai en 1989 (Le genre se limitait jusque là au Suki! Suki!! Majo Sensei de 1971). Quant au Sentai, il est en perte de vitesse depuis le virage enfantin amorcé avec Zyuranger (Une tentative d'adopter un ton sombre et sérieux avec OhRanger aura le malheur d'être diffusée au moment où le Japon subissait l'attentat le plus meurtrier de son histoire) et malgré l'apparition des premiers sixièmes rangers et la mise en place de crossovers annuels où les héros de la série en cours rencontrent ceux de la précédente, la franchise ne survit que grâce aux ventes de jouets dérivées, poussant les auteurs à y multiplier les gadgets, véhicules et robots géants. Paradoxalement, ces mêmes séries cartonnent à l'international sous la forme des Power Rangers, qui conservent les combats en costumes et avec robots géants mais remplacent les scènes en civil par d'autres tournées avec des acteurs étatsuniens. Niveaux effets spéciaux, la décennie est marqué par le développement des effets numériques, même s'ils n'ont pas toujours bien vieilli (Le Cybercop de 1988, série pionnière en la matière, est pratiquement irregardable aujourd'hui!).

Le secteur du manga et de l'animation se porte quant à lui beaucoup mieux: Akira Toriyama établit les codes du nekketsu avec Dragon Ball Z, Naoko Takeuchi renouvelle le genre Magical Girl en le mixant avec des éléments du Sentai pour créer Sailor Moon et Hideaki Anno déconstruit celui des robots géants avec la bombe Evangelion.

En France, La Cinq s'éteint en 1992, tandis que TF1 et AB délaissent les productions japonaises au profit de leurs propres séries nanardes hexagonales; mais ça ne marque pas pour autant la disparition des créations japonaises dans l'Hexagone. Au contraire: leurs séries connaissent une seconde jeunesse sur le câble et le satellite, notamment grâce à la chaîne Mangas (à l'époque, le terme était improprement utilisé pour désigner les animes), des films d'animation cultes arrivent dans les salles obscures, les vidéoclubs (Ironiquement, le marché du DTV est au même moment en perte de vitesse au Japon) et même les kiosques grâce à la collection Manga Mania, permettant de mieux découvrir la qualité et la diversité de l'animation japonaise où, époque oblige, le cyberpunk occupe une place importante. Le hentai n'est pas oublié ... non sans risque car en 2007, une scène d'Injû Seisen Twin Angel 3 (Twin Angels - Le Retour des Bêtes Célestes - Vol. 3) montrant des rapports sexuels entre les héroïnes et un personnage au physique enfantin vaudra aux diffuseurs français une condamnation pour diffusion d'images à caractère pédopornographique qui fera jurisprudence. C'est aussi durant cette période qu'après quelques tentatives infructueuses durant les années précédentes, les mangas commencent à s'implanter durablement en commençant par Akira avant d'enchaîner sur les versions papiers d'animes à succès; même si ces premières publications hexagonales subiront quelques retouches pour correspondre au sens de lecture occidental.